Через семь лет с начала выпуска Honda CB 400 Super Four происходят глобальные изменения модели, как в шасси так и в двигателе.

Серия рамы NC39.

Самой большой особенностью становится новая система Hyper Vtec, иногда называемая просто Vtec. Благодаря данной системе удалось поднять крутящий момент двигателя. Vtec позволял подключать дополнительные два клапана при достижении двигателем 6750 оборотов.

Изменения также коснулись и шасси. Колесная база была укорочена на 35 мм, двигатель опущен на 10 мм вниз, а масса уменьшена на 6 кг.

Модель CB 400 Super Four Hyper Vtec выпускалась в трёх цветах:

1. Синий
2. Черный
3. Серый

Изменений 1 февраля 2000 года:

1. Появился новый окрас. Candy Phoenix Blue, Continuous Force Silver Metallic с узором в виде полос на баке и крыле. Сплошной цвет был отменен.
2. Пружина выкрашены в красный.
3. Улучшен механизм блокировки руля.
4. Изменена эмблема на ключе.