Обновленная модель CB 400 Hyper Vtec Spec II получила изменения в двигателе. Система Vtec теперь срабатывала на 6300 оборота в минуту. Также было перенастроено зажигание. Благодаря модификации удалось улучшить крутящий момент на низких и средних оборотах.

Уменьшенный масляный фильтр и передние тормозные суппорты были заимствованы у супер-спорта CBR900RR.

Изменения коснулись и панели приборов. В спидометр встроили дисплей одометра и общего пробега. В тахометр дисплей с часами и датчиком топлива.

Для большей безопасности CB 400 Spec II обзавелась иммобилайзером HISS (Honda Ignition Secure System).

Вес вырос на один киллограмм.