В версии Spec III, Honda вносит изменение в систему Hyper VTEC. Для лучшего экономия топлива на высоких скоростях, подключение клапанов, с первой по пятую передачу, происходит на 6300 оборотах в минуту. На шестой передачи, VTEC срабатывает на 6750 оборотах. Изменены передаточные числа в коробке передач.

Громкость выхлопа снижена за счет применения лучших шумопоглащающих материалов.

Для более удобной посадки, высота сидения снижена на 5 мм, а ширина боковых крышек уменьшена на 10 мм. На заднем крыле установили ручку для пассажира.

Стоп-сигнал стал светодиодным. Изменена форма поворотников.

С 2005 года на Honda CB400 Super Four Hyper VTEC Spec III устанавливается передняя телескопическая вилка с бесступенчатой регулировкой.