Honda CBR125R с заводским кодом JC 39, стал доступен с мая 2007 года. Изменения в двигателе включают внедрение системы впрыска топлива PGM-FI, IACV (клапан регулировки холостого хода), который работает вместе с PGM-FI и датчик кислорода HECS3 для соответствия экологическим стандартам EURO3.

CBR125R получил новый обтекатель внешне напоминающий вид CBR600RR. Маятник и передняя вилка теперь красятся в черный цвет.