Первое обновление CBR250 с момента выпуска в 1986 году. В названии модели появляется суффикс R. Для того чтобы быть более спортивным мотоцикл получает полный обтекатель для улучшения аэродинамических характеристик, а также разделенное переднее и заднее седло. Кроме того, в дополнение к алюминиевой раме CBR250R получает алюминиевый маятник для снижения веса и увеличения жесткости. Задний механический барабанный тормоз заменен на дисковый гидравлический.

Для увеличения эффективности впуска и выпуска, диаметр дросселя и выпускных труб были увеличены, как и диаметр клапанов (с 3,5 до 4 мм). Благодаря снижению веса некоторых деталей, таких как шатун и поршневой палец, удалось сместить красную зону оборотов с 17 до 18 тысяч об/мин.