В 2005 году Honda CBR600RR получил первое крупное обновление. Мотоцикл обзавелся полностью регулируемой вилкой перевернутого типа, дисковыми тормозами с радиально установленными четырехпоршневыми суппортами унаследованными от CBR1000RR, а также новой алюминиевой рамой. Кроме того была усовершенствована задняя подвеска. Средняя мощность также была увеличена. Эти изменения наряду с дополнительными усовершенствованиями в двигателе и выхлопной системе привели к тому, что снаряженная масса снизилась на 10 килограмм, а сухой вес — на 4,1 кг.

Кроме технических изменений, CBR600RR 2005 года, получил обновленный внешний вид, чтобы иметь больше сходства с RC211V.

В 2006 году вышли версии окраски:

• Honda CBR600RR Movistar Special
• Honda CBR600RR Retort Thomas Lüthi Replica