Осенью 2008 года Honda анонсировала обновленный CBR600RR. Комбинированная АБС (Combined ABS) теперь была доступна как дополнительная опция, мотоциклы с установленной антиблокировочной системой маркировались дополнительной буквой A в индексе модели (CBR600RA). Другие изменения включали обновления двигателя, такие как изменения в его поршневой группе, ГБЦ и системе выпуска, которые, как утверждает Honda, увеличили выдачу крутящего момента между 8000–12000 об/мин с поднятием крутящего момента на 3,5% при 10000 об/мин. Двигатель CBR600RR также получил новую систему открытия клапанов, унаследованную от CBR1000RR.

Внешний вид CBR600RR практически не изменился по сравнению с прошлогодней моделью, за исключением некоторых дополнительных молдингов, добавленных к средним секциям обтекателя, которые повышают стабильность и снижают уровень шума, теперь полностью закрывая сцепление и коробку передач. Хотя все эти изменения были связаны с добавлением некоторых материалов, масса CBR600RR 2009 года выпуска осталась такой же, как и у предшественника. Все это стало возможным благодаря снижению веса двигателя, системы выпуска и шасси.